Kočevska je kot življenjski prostor živalskih vrst izjemna zaradi redke poseljenosti, obsežnosti gozdnih površin in njihove visoke stopnje naravne ohranjenosti. Dosedanje favnistične raziskave niso bile izvedene sistematično, niti niso enakovredno zajele vseh skupin. Kljub temu pregled raziskanih vrst kaže, da je tukajšnja favna razmeroma bogata. Težišče je na prehodu alpskih v dinarske in preddinarske elemente, preseneča pa razmeroma veliko endemitov podzemeljskih vrst, predvsem pa je Kočevska prepoznavna kot življenjski prostor velikih zveri.
V nadaljevanju so predstavljene živalske skupine oziroma vrste, ki imajo zaradi ogroženosti izjemen naravovarstven pomen.
Sesalci
Glede na favno sesalcev je Kočevska eno redkih območij Evrope z ohranjenimi populacijami velikih vrst sesalcev, kjer so bolj ali manj uravnoteženo zastopani rastlinojedi in plenilci. Prav v pogledu plenilcev Slovenija nima območja, ki bi bilo enakovredno dinarskim gozdovom kočevskega in snežniškega območja, saj velike zveri kot so volk, medved, ris ter divja mačka lahko preživijo le v tako obsežnih gozdovih.
Poleg zveri po vrstni pestrosti in ogroženosti izstopajo tudi netopirji (18 vrst), ki imajo poleg dobrih prehranskih možnosti tudi ugodna zatočišča v kraških jamah, drevesnih duplih in opuščenih objektih. Izstopajo tudi stalna opažanja vidre, enega najbolj ogroženih evropskih sesalcev.
Ptice
Na območju je bilo v zadnjih dvajsetih letih zabeleženih 171 vrst ptic, od tega 121 vrst gnezdilk in 55 vrst selivcev. Najbolj prepoznavne gozdne vrste so detli. Poleg splošno razširjenih kot so veliki detel, pivka in črna žolna sta največ naravovarstvene pozornosti deležna triprsti in belohrbti detel, ki sta vezana na pragozdove in gozdne rezervate z večjimi količinami odmrle lesne mase. Med plenilci prevladujejo sove na čelu s številčno populacijo kozače, dragocena pa so redka opažanja koconogega čuka in malega skovika. V dolini Kolpe preseneča prisotnost planinskega in malega orla ter sokola selca, na Reško jezero pa je vezan orel belorepec, ki tu gnezdi od začetka 80 let prejšnjega stoletja. Kot najbolj ogroženi vrsti sta opredeljena divji petelin in gozdni jereb, ki izginjata iz starih rastišč in stanišč.
Hrošči Na Kočevskem je bilo do sedaj registriranih preko 1000 vrst hroščev. Žal njihova podrobnejša naravovarstvena opredelitev ni bila izvedena. Kljub temu lahko hrošče uvrščamo med pomembnejšo favno območja, kar še zlasti velja za številne endemne jamske vrste. Prav tako so bili tu najdeni tudi številni zanimivi predstavniki dinarskih, alpskih, subalpskih ter celo južnoevropskih in submetiranskih vrst.
Kačji pastirji so bogato zastopani predvsem ob reki Ribnici in deloma tudi Rinži. Med pestro favno kačjih pastirjev je več ogroženih vrst: stanjšani škratec (Coenagrion pulchellum), rumeni kamnejak (Sympetrum flaveolum), grmiščna zverca (Lestes barbarus), koščični škratec (Coenagrion ornatum), prodni paškratec (Cercion lindeni), višnjeva deva (Aeshna affinis), popotni porečnik (Gomphus vulgatissimus), lisasti lestnik (Somatochora flavomaculata), malinovordeči kamenjak (Sympetrum fonscolobei).
Jamska favna
Poseben pečat območju daje kras z več kot 1500 jamami in nanje vezan živi svet. Na dinarskih planotah prevladujejo brezna, posebnost so udornice in ledene jame. Jamski živi svet se ponaša z več endemičnim vrstami jamskih polžev, nižjih rakov in hroščev, v več jamah in izvirih na Kočevskem polju ter v dolini reke Krke in Kolpe pa je bila najdena tudi človeška ribica.
Ribe
Pestra je tudi ribja populacija vezana na reko Kolpo, Rinžo in Reško jezero. V zgornjem toku Kolpe in pritokih je prisoten tudi rak koščak, vse več podatkov pa je tudi o opažanju vidre.